Setelah Honda mengeluarkan kembali Prelude, permintaan untuk gearbox manual dari para penggemar semakin meningkat. Namun, harapan untuk fitur ini kemudian hancur setelah seorang pejabat senior perusahaan mengonfirmasi bahwa tidak akan ada gearbox manual untuk Prelude. Alasannya disebutkan karena ketidakcocokan dengan powertrain hibrida mobil tersebut. Meskipun hal ini bisa diprediksi sebelumnya, tetap saja mengecewakan bagi para penggemar mobil sport tersebut.
Menurut Pimpinan Produk Besar Honda, Horita Hidetomo, perusahaan tidak dapat menyediakan gearbox manual untuk Prelude karena kurang cocok dengan sistem hibrida yang digunakan. Meskipun teknisnya memungkinkan untuk model lain seperti CR-Z dan Insight, namun tingkat elektrifikasi yang lebih tinggi pada Prelude membuat hal ini tidak mungkin. Mesin yang digunakan pada Insight dan CR-Z memungkinkan adanya buku panduan, tetapi hal ini tidak sesuai dengan teknologi terkini yang menggunakan listrik dan mesin hibrida.
Prelude sebenarnya dirancang dengan mode berkendara S+ Shift untuk membuat pengalaman mengemudi lebih menyenangkan tanpa harus menggunakan gearbox manual. Fitur paddle shift alloy di belakang setir memungkinkan pengemudi untuk melakukan perpindahan gigi yang disimulasikan dengan suara buatan melalui speaker. Meskipun fitur ini eksklusif untuk Prelude, Honda berencana untuk mengaplikasikan teknologi serupa pada mobil hibrida lainnya dengan fitur yang mensimulasikan transmisi delapan percepatan.
Keputusan untuk tidak menyertakan gearbox manual dalam Prelude lebih dari sekadar masalah mekanis. Hidetomo berpendapat bahwa mayoritas pengemudi tidak lagi membutuhkan gearbox manual karena sudah terbiasa dengan transmisi otomatis. Meski demikian, beberapa penggemar merasa bahwa Prelude seharusnya dilengkapi dengan pedal kopling. Meskipun demikian, pembelian Prelude di Jepang sudah melebihi target penjualan bulanan perusahaan dengan pesanan delapan kali lipat lebih banyak. Produksi juga sudah ditingkatkan untuk memenuhi permintaan di Amerika Serikat, Eropa, dan pasar lainnya. Waktu akan menentukan apakah minat awal terhadap mobil ini akan berlangsung atau tidak.
